Если ЭНКС-3м опрашивает ЭНИП-2 по МЭК 60870-5-101 и все настройки алгоритмов передачи определены в ЭНИП-2, то как можно конфигурировать настройки алгоритмов, ведь прямого доступа к нему с каналов связи нет?

Чтобы настроить ЭНИП-2 (настройки протокола МЭК60870-5-101, состав параметров, типы данных и прочее), необходимо обращаться непосредственно к устройству. В нормальном режиме ЭНИП-2 постоянно опрашивается ЭНКС-3м, поэтому для настройки ЭНИП-2 необходимо использовать «прозрачный канал» через ЭНКС-3м.
Для этого необходимо настроить на одном из каналов режим RS-TCP («прозрачный канал» через TCP/IP на любой RS-485/RS-232). Если такое соединение настроено, то с помощью ПО «ES-Конфигуратор» можно установить соединение с ЭНИП-2. Для этого в настройках соединения ПО «ES-Конфигуратор» указать: RS-485 через TCP/IP, IP-адрес ЭНКС-3м, номер TCP-порта (соответствующий нужному порту RS-485), адрес ЭНИП-2 (в данном случае нужен Link адрес МЭК101 на ЭНИП-2). На время, пока  «ES-Конфигуратор» ведет обмен с ЭНИП-2 через ЭНКС-3м, ЭНКС-3м прекращает обмен с ЭНИП-2.